1. 熱能分級利用：
使煙氣溫度下降到作動力用已不合適時，再作予熱空氣及給水式某種工藝過程的加熱之用，做到能盡其用才算是合理的。
2. 熱管換熱器的清灰問題：
由于一般工業爐，特別是鍋爐煙氣中灰塵很多。目前許多鍋爐又沒有除塵設備，加之為了強化傳熱，熱管的兩端都裝有肋片。這就使得熱管換熱器更容易積灰。
一九七八年日本帝人公司岐阜工廠，為了對排煙管道的腐蝕情況和肋片的堵塞情況進行調查，再外徑為38.1mm管上有肋片，分別做成直接冷卻式U形管和情況相同的熱管，然后插入同一煙道進行了實驗。運行六個月后取出，發現二者的表面均附有大量未燃物。但是，直接冷卻式U形管上的附著物非常堅固，必須用螺絲刀和鐵錘才能除去，而且有所腐蝕。而熱管上的附著物非常柔軟，是多孔疏松的碳灰，既使用咀吹也能吹掉一些，如果用水沖洗就更好了，沖洗后的熱管和新的一樣。
盡管實驗結果如上，但由于積灰影響，不但降低了熱回收效率，而且造成排煙阻力的增加。因此定期清灰對熱管換熱器的應用來講，是一個重要問題。
在清灰問題上，從結構設計方面考慮：在適當的管排間設有清灰通道，換熱器的兩側設有清灰門，在換熱器下面設有清灰的拉板及清灰槽等。
3. 由于價格較高，因此熱管換熱器成本回收時間較長。日本熱管式熱交換器成本的回收年限，在排氣溫度為300℃時，只需一年；在200℃時需二年；在100℃時需要三年。
由于國內熱管價格較高故一般熱管換熱器的成本回收時間為一年至二年。
此外熱管換熱器還有負荷不均的問題。上述幾個方面的問題，都應在熱管換熱器的應用中加以注意。
